文网站文网站文网站
Nat med | İnteqrasiya edilmiş şiş, immunitet və rəngli xərçəngin mikrob mənzərəsini xəritələşdirmək üçün çox sözlü bir yanaşma, immunitet sistemi ilə mikrobiomun qarşılıqlı əlaqəsini göstərir
İlkin kolon xərçəngi üçün biomarkerlər son illərdə geniş şəkildə öyrənilsə də, cari klinik qaydalar yalnız şiş-limfa node-metastazis quruluşu və ya DNT uyğunsuz təmir (MSI) qüsurları (MSI) və ya mikrosatoloji testi (mikro patoloji testi) (standart patoloji testi) aşkarlanması və aşkarlanması və aşkarlanması. Tədqiqatçılar, genome genome atlas (TCGA) kolorektal xərçəng xərçəngi (TCGA) kolorektal xərçəng kohortu (TCGA) kolleksiyası (TCGA) şişi stroma arasındakı birliyin, mikrob profilləri və şiş stroması arasında birliyin olmamasını qeyd etdilər.
Tədqiqat irəlilədikcə, xərçəng hüceyrə, immuniteti, stromal və ya mikrob təbiəti də daxil olmaqla, ilkin kolorektal xərçəngin kəmiyyət xüsusiyyətləri, klinik nəticələrlə əhəmiyyətli dərəcədə əlaqələndirildiyi bildirildi, lakin qarşılıqlı təsirlərinin xəstə nəticələrinə necə təsir etdiyini məhdudlaşdırır.
Fenotipik mürəkkəblik və nəticə arasındakı əlaqəni parçalamaq üçün, Qətərdə Sidra Tibbi Araşdırmalar İnstitutu Tibbi Tədqiqat İnstitutunun tədqiqatçıları komandası bu yaxınlarda mikrobiome xüsusiyyətlərini və immun rədd cavabı (ICR) birləşdirərək yaxşı yaşamaq nisbətləri olan bir qrup xəstəni (mikroskorlu) müəyyənləşdirdi və təsdiqlədi. Komanda, ilkin colorektal xərçəngi olan 348 xəstəliyi olan 348 xəstəliyi, o cümlədən şişlərin ardıcıllığı və uyğun sağlam kolorektal toxuma, dərin t-hüceyrə reseptoru və 16 yaşındakı bakterial RRNA gen genere, mikrobiomu səciyyələndirən 16-cı illərin ardıcıllığı ilə uyğunlaşdırılmışdır. Tədqiqat Təbiət tibbində "kolon xərçəngi, immunitet və mikrobiom atlası" olaraq təbiət tibbində nəşr edilmişdir.
Təbiət tibbində yayımlanan məqalə
AC-iCAM Baxış
Tədqiqatçılar təzə dondurulmuş şiş nümunələrini təhlil etmək üçün ortogonal genomik bir platformadan istifadə etdilər və sistemli terapiya olmadan kolon xərçəngi olan xəstələrdən uyğun qonşu sağlam kolon toxuması (şiş-normal cütlüklər) istifadə etdilər. Bütün eksome ardıcıllıqla (WES), RNA-SEQ məlumatların keyfiyyətinə nəzarət və daxil edilmiş meyarların ekranı, 348 xəstədən genomik məlumatlar saxlanılır və 4,6 illik bir medianın təqibi ilə analiz üçün istifadə olunurdu. Tədqiqat qrupu bu resurs Sidra-Lumc AC-iCAM-ni adlandırdı: İmmunitet xərçəng-mikrobiom qarşılıqlı təsirləri (Şəkil 1) üçün bir xəritə və bələdçi.
BQR istifadə molekulyar təsnifatı
Davamlı xərçəng markerlərinin modullu bir genetik markerləri olan Davamlı Xərçəng İmmunosurveillance (ICR), Tədqiqat qrupu, Melanoma, mesane xərçəngi və döş xərçəngi də daxil olmaqla müxtəlif xərçəng növlərini əhatə edən 20 gen panelinə qatılaraq BQR-ni optimallaşdırdı. BCR, həmçinin döş xərçəngi də daxil olmaqla müxtəlif xərçəng növlərində immunoterapiya cavabı ilə əlaqələndirilmişdir.
Birincisi, tədqiqatçılar, kohortu üç qrupa / immunitetli taxtaya (isti şişlər), orta ICR və aşağı ICR (soyuq şişlər) təsnif etmək üçün bir ICR-in əsaslı bir əlaqə yanaşmasından istifadə edərək, AC-iCam Cohortun ICR imzasını təsdiqlədi Tədqiqatçılar konsensus molekulyar subtypes (CMS) ilə əlaqəli immun meylliliyi, kolon xərçənginin transcripte əsaslı təsnifatı ilə əlaqəli tenderi xarakterizə etdilər. CMS kateqoriyalarına CMS1 / İmmun, CMS2 / Canonical, CMS3 / Metabolik və CMS4 / Mesenchimal daxildir. Təhlil göstərdi ki, BQR balları bütün CMS subtypesində müəyyən xərçəng hüceyrə yolları ilə mənfi əlaqələndirildi və immunosupressiv və stromal ilə əlaqəli yollarla müsbət əlaqələr yalnız CMS4 şişlərində müşahidə edilmişdir.
Bütün CMS-də, təbii qatil (NK) hüceyrəsi və t hüceyrə alt hissələri, digər lökosit alt altındakı (Şəkil 1C), ICR-in rəngli xərçəngin proqnozu rolunu təsdiqləyən və
Şəkil 1. AC-iCam Tədqiqat dizaynı, immunitet ilə əlaqəli gen imzası, immunitet və molekulyar alt növlər və sağ qalma.
BCR, şiş, klonally gücləndirilmiş t hüceyrələrini çəkir
Yalnız t hüceyrələrin infiltratlaşdırılan şiş tituinləri (10% -dən az) üçün xüsusi bir t hüceyrələrin bir azlığı olduğu bildirildi. Buna görə də, şişmiş t hüceyrələrinin əksəriyyəti Bystander T hüceyrələri (Bystander T hüceyrələri) adlandırılır. Məhsuldar TCRS olan adi T hüceyrələrinin sayı olan ən güclü korrelyasiya, t hüceyrə subpopulyasiyalarını (Şəkil 2A) qiymətləndirmək üçün istifadə edilə bilən stromal hüceyrə və lökositin subpopulyasiyalarında (RNA-SEQ) müşahidə edilmişdir. BQR qruplarında (ümumi və CMS təsnifatı), İmmune SEQ TCRS-nin ən yüksək klonlisi, BCR-High şişlərinin ən yüksək nisbəti olan Immun-High və CMS Auttype CMS1 / immunitet qruplarında (Şəkil 2C) müşahidə edilmişdir. Bütün transkriptdən istifadə (18,270 gen), altı ICR genləri (IFNG, Stat1, IRF1, CCL5, Gzma və CXCL10), TCR immuniteti seq klonluluq (Şəkil 2D) ilə müsbət olan ilk on gen arasında idi. Immunoseq TCR Clonity, şiş həssas CD8 + markerlərindən (Şəkil 2F və 2G) istifadə edərək müşahidə olunan korrelyasiyalardan daha çox ICR genləri ilə daha güclü bir şəkildə əlaqələndirilir. Sonda yuxarıda göstərilən analiz, BQR imzasının şişkinləşdirilmiş, klonik güclənmiş T hüceyrələrinin varlığını ələ keçirdiyini və proqnostik təsirlərini izah edə biləcəyini göstərir.
Şəkil 2. TCR ölçümləri və immunitet ilə əlaqəli genlərlə, immun və molekulyar altlıqlar ilə əlaqəsi.
Sağlam və kolon xərçəng toxumalarında mikrobiome tərkibi
Tədqiqatçılar, 246 xəstədən (Şəkil 3A) -dən uyğun şiş və sağlam kolon toxumasından çıxarılan DNT-dən istifadə edərək 16S RRNA ardıcıllıqla çıxış etdilər. Doğrulama üçün tədqiqatçılar əlavə olaraq 16S Gene-nin dəyişdirilməsi üçün mövcud olan normal DNT-ləri uyğun olmayan 42 şiş nümunəsindən 16S-ni aradan qaldıran məlumatları təhlil etdilər. Birincisi, tədqiqatçılar floranın nisbi bolluğunu uyğun şişlər və sağlam kolon toxuması arasında müqayisə etdilər. Sağlam nümunələrlə müqayisədə şişmiş perfringilər (Şəkil 3A-3D) ilə müqayisədə şişlərdə əhəmiyyətli dərəcədə artmışdır. Şiş və sağlam nümunələr arasındakı Alpha müxtəlifliyində (vahid nümunədə müxtəliflik və növlərin müxtəlifliyi və bolluğu) və mikrob müxtəlifliyinin təvazökarlığın azalması ICR-aşağı şişlərə nisbətən BCR-yüksək şişlərdə təvazökar bir azalma müşahidə edilmişdir.
Mikrob profilləri və klinik nəticələr arasındakı klinik cəhətdən müvafiq dərnəkləri aşkar etmək üçün tədqiqatçılar, yaşamağı proqnozlaşdıran mikrobiom xüsusiyyətlərini müəyyənləşdirmək üçün 16S RRNA Gene-nin ardıcıllıqla istifadə etməyi hədəflədilər. AC-iCAM246-da tədqiqatçılar MBR təsnifatçıları (Şəkil 3F) adlanan 41-i sıfır olmayan əmsallarla (diferensial ölüm riski ilə əlaqəli) 41 xüsusiyyət seçən bir OS Cox reqressiya modeli ran.
Bu təlim kohortunda (iCAM246), aşağı MBR <0, aşağı MBR) ölüm riski (85%) ilə əlaqələndirildi. Tədqiqatçılar müstəqil olaraq təsdiqlənmiş bir kohortda (ICAM42 və TCGA-COAD) aşağı MBR (riskli) və uzun müddət uzun olan OS arasındakı əlaqəni təsdiqlədi. (Şəkil 3) Tədqiqat, şiş və sağlam kolon toxumasında oxşar olan Endogircik COCCI və MBR puanları arasında güclü bir əlaqə göstərdi.
Şəkil 3. Şiş və sağlam toxumlarda mikrobiome və BQR və xəstə yaşaması ilə əlaqələr.
Rəy
Bu işdə istifadə olunan çoxmetik yanaşma, kolorektal xərçəngdə immun reaksiyasının molekulyar imzasının hərtərəfli aşkar edilməsinə və təhlilini və təhlil edir və mikrobiome və immunitet sistemi arasındakı qarşılıqlı əlaqəni göstərir. TCR-in dərin tcr ardıcıllığı və sağlam toxumalar, BQR-in proqnoz təsiri şişin zənginləşdirilmiş və bəlkə də şiş antigen xüsusi t hüceyrə klonlarını tutmaq bacarığı ilə əlaqədar ola bilər.
AC-iCAM nümunələrində 16-cı RRNA Gene ardıcıllıqla istifadə olunan mikrobiome kompozisiyasını təhlil edərək, komanda güclü proqnostik dəyəri olan mikrobiom imza (MBR risk balı) müəyyənləşdirdi. Bu imza şiş nümunələrindən alınsa da, sağlam colorectum və şiş MBR risk hesabı arasında güclü bir əlaqə var idi, bu imzanın xəstələrin bağırsaq tərkibini ələ keçirə biləcəyini göstərir. BQR və MBR puanlarını birləşdirərək, kolon xərçəngi olan xəstələrdə yaşamağı proqnozlaşdıran çox-OMIC tələbə biomarkerini müəyyənləşdirmək və təsdiqləmək mümkün idi. Tədqiqatın çox-OMIC DatSet, kolon xərçəngi biologiyasını daha yaxşı başa düşmək və fərdi terapevtik yanaşmalar tapmaq üçün bir qaynaq təmin edir.
Time vaxt: iyun-15-2023
Məxfilik parametrləri