Efiopiyada SARS-CoV-2-ni müəyyən etmək üçün dörd nuklein turşusunun gücləndirilməsi analizinin icrası

Nature.com saytına daxil olduğunuz üçün təşəkkür edirik. Siz məhdud CSS dəstəyi ilə brauzer versiyasından istifadə edirsiniz. Ən yaxşı təcrübə üçün sizə yenilənmiş brauzerdən istifadə etməyi tövsiyə edirik (və ya Internet Explorer-də Uyğunluq rejimini söndürün). Bundan əlavə, davamlı dəstəyi təmin etmək üçün biz saytı üslub və JavaScript olmadan göstəririk.
Eyni anda üç slayddan ibarət karuseli göstərir. Eyni anda üç slayd arasında hərəkət etmək üçün Əvvəlki və Sonrakı düymələrindən istifadə edin və ya bir anda üç slayd arasında hərəkət etmək üçün sonundakı sürüşmə düymələrindən istifadə edin.
2019-cu ildə koronavirus xəstəliyinin (COVID-19) yayılmasından bəri dünyada bir çox kommersiya nuklein turşusu gücləndirmə testləri (NAAT) hazırlanmış və standart analizlərə çevrilmişdir. Bir neçə testin tez bir zamanda hazırlanmasına və laboratoriya diaqnostik testlərinə tətbiq edilməsinə baxmayaraq, bu testlərin performansı müxtəlif parametrlərdə qiymətləndirilməmişdir. Buna görə də, bu tədqiqat Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI və Sansure Biotech analizlərinin Kompozit İstinad Standartından (CRS) istifadə edərək performansını qiymətləndirməyi hədəflədi. Tədqiqat Efiopiya İctimai Səhiyyə İnstitutunda (EPHI) 1-30 dekabr 2020-ci il tarixləri arasında aparılıb. QIAamp RNT mini dəsti və Abbott DNT nümunəsi hazırlama sistemindən istifadə etməklə 164 nazofarenks nümunəsi çıxarılıb. 164 nümunənin 59,1%-i müsbət, 40,9%-i isə mənfi olub. Sansure Biotech pozitivliyi CRS ilə müqayisədə əhəmiyyətli dərəcədə aşağı idi (p <0.05). Sansure Biotech pozitivliyi CRS ilə müqayisədə əhəmiyyətli dərəcədə aşağı idi (p <0.05). CRS (p < 0,05) ilə Sansure Biotech ilə yaxşı nəticələr əldə etdi. Sansure Biotech-in müsbət nəticələri CRS ilə müqayisədə əhəmiyyətli dərəcədə aşağı idi (p <0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 U Sansure Biotech CRS-ə (p < 0,05) görə çox yaxşı nəticələr əldə edib. Sansure Biotech CRS ilə müqayisədə əhəmiyyətli dərəcədə daha az müsbət nəticələr əldə etmişdir (p <0.05).Dörd təhlilin ümumi razılığı CRS ilə müqayisədə 96,3-100% təşkil etmişdir. Sansure Biotech analizinin aşağı pozitivlik dərəcəsinə əlavə olaraq, dörd analizin performansı demək olar ki, müqayisə edilə bilər. Beləliklə, Sansure Biotech [Yalnız Tədqiqat (RUO)] analizi Efiopiyada istifadəsi üçün əlavə yoxlama tələb edir. Nəhayət, müvafiq istehsalçının iddiaları ilə təhlilləri qiymətləndirmək üçün əlavə tədqiqatlar nəzərdən keçirilməlidir.
Laboratoriya müayinəsi Ümumdünya Səhiyyə Təşkilatının (ÜST) 2019-cu il Koronavirus Xəstəliyinə (COVID-19) Hazırlıq və Cavab (SPRP) üzrə Strateji Planının bir hissəsidir. ÜST tövsiyə edir ki, ölkələr hazırlığı, müvafiq işin idarə edilməsini, sayıqlığı və ictimai sağlamlıq problemlərinə operativ reaksiya vermək üçün laboratoriya potensialı yaratmalıdırlar. Bu onu göstərir ki, laboratoriyanın rolu yeni yaranan yoluxucu agentlərin xəstəliyini və epidemiologiyasını xarakterizə etmək və onların yayılmasına nəzarət etmək üçün əsasdır.
COVID-19 diaqnozu üçün epidemioloji və tibbi məlumat, şəxsi simptomlar/əlamətlər, rentgenoqrafiya və laboratoriya məlumatları tələb olunur2. Çinin Wuhan şəhərində COVID-19 epidemiyası bildirildiyi üçün bütün dünyada bir çox kommersiya nuklein turşusu gücləndirmə testləri (NAATs) hazırlanmışdır. Real vaxt rejimində əks transkripsiya polimeraza zəncirvari reaksiyası (rRT-PCR) ağır kəskin respirator sindrom 2 (SARS-CoV-2)3 infeksiyasının laborator diaqnostikasında gündəlik və standart metod kimi istifadə edilmişdir. SARS-CoV-2-nin molekulyar aşkarlanması adətən ORF1a/b-də N (nukleokapsid protein geni), E (zərf protein geni) və RdRp (RNT-dən asılı RNT polimeraza geni) genlərinə əsaslanır (açıq oxu çərçivəsi 1a/b). gen) viral genomdan müəyyən edilən bölgə. Onlar virusun tanınması üçün viral genomlarda aşkar edilmiş əsas qorunan bölgələr hesab olunur4. Bu genlər arasında RdRp və E genləri yüksək analitik aşkarlama həssaslığına malikdir, N geni isə aşağı analitik həssaslığa malikdir5.
PCR analizlərinin performansı müxtəlif amillərdən asılı olaraq dəyişə bilər: ekstraksiya reagentləri, gücləndirmə/aşkarlama reagentləri, ekstraksiya üsulu, PCR aparatının keyfiyyəti və digər alətlər. 2020-ci ilin aprel ayına olan məlumata görə, doqquz ölkədən 48-dən çox müxtəlif diaqnostika cihazı COVID-196 diaqnostikası üçün Fövqəladə İstifadə İcazəsi (EUA) alıb. Efiopiyada, ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 və Quant-studio7 daxil olmaqla 26 ictimai səhiyyə müəssisəsində SARS-CoV-2-nin PCR aşkarlanması üçün 14-dən çox real vaxt PCR platformasından istifadə olunur. Bundan əlavə, Daan Gen testi, Abbott SARS-CoV-2 testi, Sansure Biotech testi və SARS-CoV-2 BGI testi kimi müxtəlif PCR test dəstləri mövcuddur. rRT-PCR yüksək həssas olsa da, COVID-19-u olan bəzi xəstələr düzgün toplanma, daşıma, saxlama və rəftar və laboratoriya testlərinə görə nümunələrdə viral ribonuklein turşusunun (RNT) kifayət qədər nüsxələrinin olmaması səbəbindən yanlış mənfi nəticələr bildirirlər. personalın şərtləri və hərəkətləri8. Bundan əlavə, nümunə və ya nəzarətin düzgün idarə edilməməsi, dövriyyə həddinin (Ct) təyin edilməsi və digər patogen nuklein turşuları və ya qeyri-aktiv/qalıq SARS-CoV-2 RNT ilə çarpaz reaktivlik rRT-PCR9 analizlərində yanlış müsbət nəticələrə səbəb ola bilər. Beləliklə, aydındır ki, PCR testləri həqiqətən də gen fraqmentlərinin daşıyıcılarını müəyyən edə bilər, çünki onlar həqiqətən aktiv viral genləri belə ayırd edə bilmirlər, ona görə də testlər xəstələri deyil, yalnız daşıyıcıları müəyyən edə bilər10. Buna görə də, bizim şəraitimizdə standart metodlardan istifadə edərək diaqnostik performansı qiymətləndirmək vacibdir. Çoxlu NAAT reagentləri Efiopiya İctimai Səhiyyə İnstitutunda (EPHI) və bütün ölkədə mövcud olsa da, onların effektivliyinin müqayisəli qiymətləndirilməsi hələ bildirilməyib. Buna görə də, bu iş klinik nümunələrdən istifadə edərək rRT-PCR ilə SARS-CoV-2-nin aşkarlanması üçün ticari olaraq mövcud dəstlərin müqayisəli performansını qiymətləndirmək məqsədi daşıyırdı.
Bu araşdırmaya COVID-19 şübhəsi olan cəmi 164 iştirakçı daxil edilib. Nümunələrin əksəriyyəti müalicə mərkəzlərindən (118/164 = 72%), qalan 46 (28%) isə qeyri-müalicə mərkəzlərindən idi. Mərkəzdə müalicə olunmayan iştirakçılar arasında 15 (9,1%) klinik şübhəli hal, 31-də (18,9%) təsdiqlənmiş hallarla əlaqədə olub. 93 (56,7%) iştirakçı kişi idi və iştirakçıların orta yaşı (± SD) 31,10 (± 11,82) il idi.
Bu araşdırmada, COVID-19 üçün dörd testin müsbət və mənfi nisbətləri müəyyən edildi. Beləliklə, Abbott SARS-CoV-2 testinin, Daan Gene 2019-nCoV testinin, SARS-CoV-2 BGI testinin və Sansure Biotech 2019-nCoV testinin müsbət nisbətləri müvafiq olaraq 59,1%, 58,5%, 57,9% və 55,5% təşkil edib. Müsbət və mənfi kompozit istinad standartı (CRS) balları müvafiq olaraq 97 (59,1%) və 67 (40,9%) olmuşdur (Cədvəl 1). Bu araşdırmada CRS-in tərifi “hər hansı müsbət” qaydaya əsaslanırdı, buna görə də dörd test nəticəsindən eyni nəticəni verən iki və ya daha çox test nəticəsi həqiqi müsbət və ya mənfi hesab olunurdu.
Bu araşdırmada biz CRS ilə müqayisədə bütün analizlər üçün 100% (95% CI 94,6-100) mənfi faiz razılaşması (NPA) tapdıq. Sansure Biotechnology analizi minimal PPA 93,8% (95% CI 87,2-97,1) göstərdi və Daan Gene 2019-nCoV analizi 99,4% (95% CI 96,6-99,9) ümumi razılığa malik idi. Bunun əksinə olaraq, SARS-CoV-2 BGI testi ilə Sansure Biotech 2019-nCoV testi arasında ümumi razılıq müvafiq olaraq 98,8% və 96,3% təşkil etmişdir (Cədvəl 2).
CRS və Abbott SARS-CoV-2 testinin nəticələri arasında Cohenin kappa razılaşma əmsalı tam uyğun idi (K = 1.00). Eynilə, Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI və Sansure Biotech 2019-nCoV tərəfindən aşkar edilən Koenin kappa dəyərləri də CRS ilə tam uyğundur (K ≥ 0,925). Bu müqayisəli təhlildə, Xi-kvadrat testi (McNemar testi) göstərdi ki, Sansure Biotech 2019-nCoV təhlili nəticələri CRS nəticələrindən əhəmiyyətli dərəcədə fərqlidir (p = 0,031) (Cədvəl 2).
Şəkildə göstərildiyi kimi.1 Abbott SARS-CoV-2 analizinin (birləşdirilmiş RdRp və N geni) ən aşağı Ct dəyərinin (< 20 Ct) faizi 87,6% və Sansure Biotech 2019-nCoV testinin ORF1a/b geninin Ct dəyərinin aşağı Ct dəyərinin faizi (<% Ct dəyəri) və Ct yüksək olduğunu göstərdi. (36-40 Ct) 3,2% təşkil etmişdir. 1 Abbott SARS-CoV-2 analizinin (birləşdirilmiş RdRp və N geni) ən aşağı Ct dəyərinin (< 20 Ct) faizi 87,6% və Sansure Biotech 2019-nCoV testinin ORF1a/b geninin Ct dəyərinin aşağı Ct dəyərinin faizi (<% Ct dəyəri) və Ct yüksək olduğunu göstərdi. (36-40 Ct) 3,2% təşkil etmişdir.Şəkildə göstərildiyi kimi.1, Ct (< 20 Ct) analizi Abbott SARS-CoV-2 (RdRp və N birləşmələri) 87,6%, Ct geninin ORF1a/b analizi ilə Sansure Biotech 2019-nCoV2-dən çox azdır. Ct) 50,3%, yüksək qiymət Ct (36–40 Ct) isə 3,2% təşkil edir. 1, Abbott SARS-CoV-2 (birləşdirilmiş gen RdRp və N) üzrə ən aşağı Ct dəyərinin (< 20 Ct) analizinin faizi 87,6%, Sansure Biotech 2019-nCoV-un ORF1a/b gen analizinin Ct dəyəri göstərdi ki, aşağı Ct dəyərinin faizi (<2 Ct dəyərini təşkil edir) və <2 Ct dəyərini təşkil edir,53). Ct (36-40 Ct) 3,2% təşkil etdi.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（（< 20% Biotech. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值(36)的百分比为3.2%。 Şəkil 1-də göstərildiyi kimi, Abbott SARS-CoV-2 testinin ən aşağı Ct dəyəri faizi (< 20 Ct) (RdRp və N geninin birləşməsi) 87.6%, Sansure Biotech 2019-nCoV testinin ORF1a/b gen Ct dəyəri aşağı Ct值t (<20% Ct) göstərir高Ct 值(36–40 Ct) 的 faiz 3,2% təşkil edir. Risunke 1, analiz Abbott SARS-CoV-2 (soчетающий гени RdRp və N) 87,6% və 87,6% nisbətində Ct (< 20 Ct), ORF1a/b Biotech Analez2-də Ct geninin tədqiqi nCoV показал низкий Ct. Şəkil 1-də göstərildiyi kimi, Abbott SARS-CoV-2 analizi (RdRp və N genlərini birləşdirən) ən aşağı faiz Ct dəyərinə (< 20 Ct) 87,6%, ORF1a/b geninin Ct dəyəri isə Sansure Biotech 2019 tədqiqatında sahib idi – Aşağı nCoV analizi göstərdi. Prosentr yüksək dəyər (< 20 Ct) 50,3%, yüksək qiymətli Ct (36-40 Ct) 3,2% təşkil edir. Qiymətlərin faizi (< 20 Ct) 50,3%, yüksək Ct dəyərlərinin faizi (36-40 Ct) isə 3,2% təşkil etmişdir.Abbott SARS-CoV-2 B testi Ct dəyərlərini 30-dan yuxarı qeyd etdi. Digər tərəfdən, BGI SARS-CoV-2 analizində ORF1a/b geninin yüksək Ct dəyəri (> 36 Ct) faizi 4% idi (Şəkil 1). Digər tərəfdən, BGI SARS-CoV-2 analizində ORF1a/b geninin yüksək Ct dəyəri (> 36 Ct) faizi 4% idi (Şəkil 1). BGI SARS-CoV-2 generasiyasının ORF1a/b göstəricisi Ct (> 36 Ct), 4% azalma faizi (1-ci il). Digər tərəfdən, BGI SARS-CoV-2 geninin analizində ORF1a/b yüksək Ct dəyərinə (> 36 Ct) malik olub, onun faizi 4% təşkil edib (Şəkil 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比%（4（分比） Digər tərəfdən, BGI SARS-CoV-2 aşkarlanmasında yüksək Ct dəyəri (>36 Ct) olan ORF1a/b geninin faizi 4% təşkil edir (Şəkil 1). BGI SARS-CoV-2 analizində ORF1a/b yüksək göstəriciləri olan Ct (>36 Ct) 4% (1-ci il) əmsalı ilə analiz edilir. Digər tərəfdən, BGI SARS-CoV-2 analizində yüksək Ct dəyərləri (>36 Ct) olan ORF1a/b genlərinin faizi 4% təşkil etmişdir (Şəkil 1).
Bu araşdırmada 164 nazofarenks nümunəsi götürdük. Bütün növ analizlər üçün RNT-nin təcrid edilməsi və gücləndirilməsi müvafiq istehsalçılar tərəfindən tövsiyə olunan metodlar və dəstlərdən istifadə etməklə həyata keçirilib.
Bu araşdırma göstərdi ki, Abbottun SARS-CoV-2 testi CRS ilə eyni aşkarlama performansına malikdir, 100% müsbət, mənfi və ümumi uyğunluq. Cohen-in kappa razılaşması 1.00-dir ki, bu da CRS ilə tam razılığı göstərir. ABŞ-da Vaşinqton Universiteti tərəfindən aparılan oxşar bir araşdırma, SARS-CoV-2 üçün Abbott testinin ümumi həssaslığının və spesifikliyinin CDC-nin laboratoriya tərəfindən təyin olunan təhlili (LDA) ilə müqayisədə müvafiq olaraq 93% və 100% olduğunu müəyyən etdi. 11. Abbott SARS-CoV-2 aşkarlama sistemi N və RdRp genlərinin eyni vaxtda birgə aşkarlanmasına əsaslanır, çünki hər iki gen daha həssasdır və yalan neqativləri minimuma endirir12. Avstriyanın Vyana şəhərində aparılan tədqiqat həmçinin göstərdi ki, böyük ekstraksiya nümunəsi həcmləri və aşkarlama eluent həcmləri durulaşdırma effektlərini minimuma endirmiş və aşkarlama effektivliyini artırmışdır13. Beləliklə, Abbottun SARS-CoV-2 analizi üçün mükəmməl uyğunluğu kombinator genləri eyni vaxtda aşkarlayan, çoxlu sayda nümunə (0,5 ml) çıxaran və böyük miqdarda eluent (40 µl) istifadə edən platforma aşkarlama sistemi ilə əlaqələndirilə bilər.
Nəticələrimiz həmçinin göstərdi ki, Daan genetik testinin aşkarlama performansı CRS ilə demək olar ki, eyni idi. Bu, Çinin Huainan şəhərindəki Anhui Universitetində aparılan araşdırmaya14 və istehsalçının 100% müsbət razılaşma iddiasına uyğundur. Ardıcıl nəticələrlə bağlı hesabatlara baxmayaraq, bir nümunə eyni eluat təkrar sınaqdan keçirildikdən sonra yalan mənfi idi, lakin Abbott SARS-CoV-2 və Sansure Biotech nCoV-2019 analizlərində müsbət olub. Bu, müxtəlif analiz növləri üzrə nəticələrdə dəyişkənliyin ola biləcəyini göstərir. Buna baxmayaraq, Çində aparılan tədqiqatda15, Daan Gen analizinin nəticəsi onların laboratoriyada müəyyən edilmiş istinad analizi ilə müqayisədə əhəmiyyətli dərəcədə fərqli olmuşdur (p <0,05). Buna baxmayaraq, Çində aparılan tədqiqatda15, Daan Gen analizinin nəticəsi onların laboratoriyada müəyyən edilmiş istinad analizi ilə müqayisədə əhəmiyyətli dərəcədə fərqli olmuşdur (p <0,05). Tem ne menee, in issledovanii, provedennom in Kitae15, resultat analiza Daan Gene значительно отличалься (p < 0,05) от их лабораторного эталонного анализа. Bununla belə, Çində15 edilən bir araşdırmada Daan Genin analiz nəticəsi onların laboratoriya istinad analizindən əhəmiyyətli dərəcədə fərqli idi (p <0.05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Odnako in issledovanii, provedennom in Kitae15, results of genetika testa Daan znachitelno otlichalisь (p < 0,05) üzrə sravneniyu ilə eqo etalonnym laboratoriya testom. Bununla belə, Çində15 edilən bir araşdırmada, Daanın genetik testinin nəticələri onun istinad laboratoriya testindən əhəmiyyətli dərəcədə fərqli idi (p <0,05).Bu uyğunsuzluq SARS-CoV-2-ni aşkar etmək üçün istinad testinin həssaslığı ilə bağlı ola bilər və səbəbi müəyyən etmək üçün əlavə tədqiqatlar vacib ola bilər.
Bundan əlavə, tədqiqatımız SARS-CoV-2 BGI testinin CRS ilə müqayisəli performansını qiymətləndirdi, əla müsbət faiz razılaşması (PPA = 97,9%), mənfi faiz razılaşması (NPA = 100%) və cins üzrə ümumi faiz razılaşması (OPA). ). = 98,8%). Cohen-in Kappa dəyərləri yaxşı uyğunluq göstərdi (K = 0.975). Hollandiyada16 və Çində15 aparılan tədqiqatlar ardıcıl nəticələr göstərmişdir. SARS-CoV-2 BGI testi 10 µl gücləndirmə/aşkarlama eluat istifadə edərək tək gen (ORF1a/b) aşkarlama testidir. İstinad nəticələrimizlə yaxşı statistik razılaşmaya baxmayaraq, təhlil ümumi nümunənin iki müsbət nümunəsini (1,22%) qaçırdı. Bunun həm xəstə, həm də cəmiyyət səviyyəsində ötürülmə dinamikası üçün böyük klinik təsirləri ola bilər.
Bu tədqiqata daxil edilən digər müqayisəli təhlil Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) analizi idi; ümumi uyğunluq faizi 96,3% təşkil edib. Razılaşmanın gücü həmçinin Koenin Kappa dəyəri ilə müəyyən edildi ki, bu da CRS ilə tam razılaşdığını göstərən 0,925 idi. Yenə də nəticələrimiz Çinin Çanşa şəhərindəki Mərkəzi Cənubi Universitetində və Çinin Liuzhou şəhəri, Liuzhou Xalq Xəstəxanasının Klinik Laboratoriya şöbəsində aparılan tədqiqatlarla eynidir17. Yuxarıdakı yaxşı statistik uyğunluq qeydə alınsa da, Xi-kvadrat testi (MacNemar testi) göstərdi ki, Sansure Biotech analizinin nəticəsi CRS ilə müqayisədə statistik əhəmiyyətli fərqə malikdir (p <0.005). Yuxarıdakı yaxşı statistik uyğunluq qeydə alınsa da, Xi-kvadrat testi (MacNemar testi) göstərdi ki, Sansure Biotech analizinin nəticəsi CRS ilə müqayisədə statistik əhəmiyyətli fərqə malikdir (p <0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, təhlili hi-kvadrat (критерий Макнемара) показал, bununla nəticələnən analiza Sansure Biotech imeet statistik göstəriciləri imeet statistik göstəricilər (C005 üzrə). Yuxarıdakı yaxşı statistik razılaşma qeydə alınsa da, Xi-kvadrat testi (McNemar testi) göstərdi ki, Sansure Biotech analizinin nəticəsi CRS ilə müqayisədə statistik əhəmiyyətli fərqə malikdir (p <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech相比具有统计学显着差异（p < 0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 测 biotech ， ，与 crs 相比 具有 显着 （（（（（p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）＂＂＂ Несмотря на отмеченное выше хорошее statisticheskoe sootvetstvie, ölçü hi-kvadrat (kriteriy Makнемара) pokazal statistik zəncirləmə dərəcəsi (p < 0,005) Sansure Biotech və CRS arasında analiz. Yuxarıda qeyd olunan yaxşı statistik razılaşmaya baxmayaraq, Xi-kvadrat testi (McNemar testi) Sansure Biotech analizi ilə CRS arasında statistik əhəmiyyətli fərq (p <0.005) göstərdi.Altı nümunənin (3,66%) CRS ilə müqayisədə yanlış neqativ olduğu aşkar edildi (Əlavə Cədvəl 1); bu, xüsusilə virusun ötürülmə dinamikasını nəzərə alsaq, çox vacibdir. Yuxarıdakı məlumatlar da bu aşağı aşkarlama sürətini dəstəkləyir15.
Bu işdə, Abbott SARS-CoV-2 analizində bildirilən ən aşağı orta Ct dəyəri ilə hər bir analiz və müvafiq platforma üçün Ct dəyərləri müəyyən edilmişdir. Bu nəticə Abbottun SARS-CoV-2-nin aşkarlanması üçün eyni vaxtda birləşdirilmiş genetik test sistemi ilə əlaqəli ola bilər. Buna görə də, Şəkil 1-ə əsasən, Abbott SARS-CoV-2 nəticələrinin 87,6%-nin Ct dəyərləri 20-dən aşağı idi. Yalnız az sayda nümunə nəticələri (12,4%) 20-30 diapazonunda idi. 30-dan yuxarı Ct dəyərləri qeyd edilməmişdir. Abbottun SARS-CoV-2 panel genetik test formatından istifadəsinə əlavə olaraq, bu nəticə şirkətin aşağı həddi olan 100 RNT nüsxəsi/ml-dən üç dəfə aşağı olan aşağı aşkarlama həddi (32,5 RNT nüsxəsi/ml)18 ilə bağlı ola bilər. ml) 19.
Bu tədqiqatın bəzi məhdudiyyətləri var: birincisi, resursların olmaması səbəbindən standart/istinad üsullarımız [məsələn, virus yükü və ya digər laboratoriya testləri (LDA)] yoxdur. İkincisi, bu işdə istifadə edilən bütün nümunələr nazofarengeal tamponlar idi, nəticələr isə digər nümunə növlərinə aid deyildi, üçüncüsü, nümunə ölçülərimiz kiçik idi.
Bu tədqiqat nazofarengeal nümunələrdən istifadə edərək SARS-CoV-2 üçün dörd rRT-PCR analizinin performansını müqayisə etdi. Sansure Biotech analizi istisna olmaqla, bütün aşkarlama analizləri demək olar ki, müqayisə edilə bilən performansa malik idi. Bundan əlavə, CRS ilə müqayisədə Sansure Biotech analizində aşağı pozitivlik dərəcəsi müəyyən edilmişdir (p <0,05). Bundan əlavə, CRS ilə müqayisədə Sansure Biotech analizində aşağı pozitivlik dərəcəsi müəyyən edilmişdir (p <0,05). Bununla belə, Sansure Biotech testində CRS-də (p < 0,05) yüksək nəticə əldə etdi. Bundan əlavə, Sansure Biotech testi CRS ilə müqayisədə müsbət nəticələrin aşağı faizini göstərdi (p <0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Bununla belə, Sansure Biotech analizi CRS-in sravneniusuna görə müsbət nəticələr əldə etmişdir (p < 0,05). Bundan əlavə, Sansure Biotech analizi CRS ilə müqayisədə daha aşağı pozitivlik dərəcəsinə malikdir (p <0,05).PPA, NPA və ümumi razılaşmanın Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) təhlili 0,925 razılaşma dəyərinin Cohen Kappa gücü ilə 93,5%-i keçdi. Nəhayət, Sansure Biotech Assay (RUO) Efiopiyada istifadə üçün əlavə yoxlamaya ehtiyac duyur və ayrı-ayrı istehsalçıların iddialarını qiymətləndirmək üçün əlavə tədqiqatlar nəzərdən keçirilməlidir.
Müqayisəli tədqiqat layihəsi Əddis-Əbəbədəki dörd səhiyyə müəssisəsində, Eka Kotebe Xəstəxanasında, Millenium Kilsəsi Müalicə Mərkəzində, Zewooditu Memorial Xəstəxanasında və Müqəddəs Pyotr Vərəm Mütəxəssisi Xəstəxanasında aparılmışdır. Məlumatlar 1 dekabr və 31 dekabr 2020-ci il tarixləri arasında toplanıb. Bu tədqiqat üçün tibb müəssisələri, onların yüksək sayı və şəhərdə əsas müalicə mərkəzlərinin mövcudluğu əsasında məqsədyönlü şəkildə seçilib. Eynilə, ABI 7500 və Abbott m2000 real vaxt PCR alətləri də daxil olmaqla alətlər NAAT reagent istehsalçılarının tövsiyələrinə uyğun olaraq seçilmiş və Efiopiyadakı əksər laboratoriyalar ən azı dördündən istifadə etdiyi üçün bu tədqiqat üçün dörd PCR aşkarlama dəsti seçilmişdir. Tədqiqat zamanı gen testi, Abbott SARS-CoV-2 testi, Sansure Biotech testi və SARS-CoV-2 BGI testi).
SARS-CoV-2 üçün sınaq EPHI-yə istinad edilən COVID-19 üçün araşdırılan şəxslərdən 3 ml Viral Nəqliyyat Vasitəsindən (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Çin) istifadə edilməklə 2020-ci il dekabrın 1-dən 30-dək aparılıb. Nazofarengeal nümunələr təlim keçmiş nümunə toplayıcıları tərəfindən toplandı və üçlü paketlərdə EPHI-yə göndərildi. Nuklein turşusunun təcrid olunmasından əvvəl hər bir nümunəyə unikal identifikasiya nömrəsi verilir. Çıxarma hər bir nümunədən alındıqdan dərhal sonra əl və avtomatik çıxarma üsullarından istifadə etməklə həyata keçirilir. Beləliklə, Abbott m2000-in avtomatik çıxarılması üçün hər bir nümunədən 1,3 ml (0,8 ml ölü həcm və 0,5 ml ekstraksiya giriş həcmi daxil olmaqla) nümunə çıxarıldı və Abbott DNT Nümunə Hazırlama Sistemindən (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, ABŞ) keçirildi. ) 96 [92 nümunə, iki aşkarlama nəzarəti və iki şablon olmayan nəzarət (NTC)] toplusu real vaxt rejimində SARS-CoV-2-nin (EUA) iki dövrəsinin ümumi prosesinə (axtarış və aşkarlama) daxil edilmişdir. mədənçilik. Eynilə, əl ilə çıxarmaq üçün eyni nümunələri istifadə edin (avtomatik çıxarış və kəşf üçün). Beləliklə, proses boyu 140 µl nümunə QIAamp Viral RNT Mini Kitindən (QIAGEN GmbH, Hilden, Almaniya) istifadə edərək doqquz dövrə ərzində 24 partiyada (20 nümunə, iki analiz nəzarəti və iki NTC daxil olmaqla) hissələrə bölündü və ekstraksiya edildi. Əl ilə çıxarılan eluatlar gücləndirildi və SARS-CoV-2 BGI analizi, Daan Gen analizi və Sansure Biotech analizindən istifadə edərək ABI 7500 termal siklatoru ilə aşkar edildi.
SARS-CoV-2 viral RNT-nin avtomatlaşdırılmış təcrid edilməsi və təmizlənməsi Abbott DNT nümunəsi hazırlama reagentlərindən istifadə edərək maqnit muncuq prinsipinə əməl edir. Nümunələrin inaktivasiyası və viral hissəciklərin həlli zülalı denatürasiya etmək və RNaz-ı inaktivləşdirmək üçün tərkibində guanidin izotiyosiyanat olan yuyucu vasitədən istifadə etməklə həyata keçirilir. Daha sonra RNT silisiumdan istifadə edərək bərk faza ayrılması yolu ilə zülaldan ayrılır, yəni guanidinium duzu və liziz tamponunun qələvi pH-ı nuklein turşularının silisiumla (SiO2) bağlanmasını təşviq edir. Durulama mərhələsi aydın bir həll hazırlamaq üçün qalan zülalları və zibilləri çıxarır. Şəffaf RNT alətin maqnit sahəsindən istifadə edərək silisium əsaslı mikrohissəciklərdən təcrid olunur20,21. Digər tərəfdən, RNT-nin əl ilə təcrid edilməsi və təmizlənməsi maqnit stend əvəzinə sentrifuqadan istifadə edərək spin sütunu üsulu ilə və mikrohissəciklərin eluentdən ayrılması ilə həyata keçirilir.
Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Aşkarlama Testi (Abbott Molecular, Inc.) ÜST və FDA-dan EUA19,22 almış istehsalçının təlimatlarına uyğun olaraq həyata keçirilmişdir. Bu protokolda, ekstraksiyadan əvvəl nümunə inaktivasiyası 30 dəqiqə ərzində 56 °C-də su banyosunda aparılmışdır. Virus inaktivasiyasından sonra Abbott m2000 DNT nümunəsi hazırlama sistemindən istifadə etməklə 0,5 ml VTM-dən Abbott m2000 SP alətində nuklein turşusunun çıxarılması aparıldı. istehsalçıya görə. Gücləndirmə və aşkarlama Abbott m2000 RT-PCR alətindən istifadə edilməklə həyata keçirilmiş və RdRp və N genləri üçün ikili aşkarlama aparılmışdır. ROX) və VIC P (mülkiyyət boyası) daxili nəzarətin hədəflənməsi və aşkarlanması üçün hər iki gücləndirici məhsulun eyni vaxtda aşkarlanmasına imkan verir 19 .
Bu dəstin gücləndirmə aşkarlama metodu bir addımlı RT-PCR texnologiyasına əsaslanır. ORF1a/b və N genləri hədəf bölgənin gücləndirilməsini aşkar etmək üçün Daan Gen Texnologiyası tərəfindən qorunan bölgələr kimi seçilmişdir. Xüsusi primerlər və flüoresan zondlar (FAM ilə etiketlənmiş N gen zondları, VIC ilə etiketlənmiş ORF1a/b zondları) nümunələrdə SARS-CoV-2 RNT-ni aşkar etmək üçün nəzərdə tutulmuşdur. Son eluent və master qarışıqlar 25 µl yekun həcmə 20 µl master mixə 5 µl eluent əlavə etməklə hazırlanmışdır. Gücləndirmə və aşkarlama eyni vaxtda ABI 750024 real vaxt PCR alətində həyata keçirildi.
ORF1a/b və N genləri Sansure Biotech nCoV-2019 Nuklein Turşusu Diaqnostika Kitindən (flüoresan PCR aşkarlanması) istifadə edilərək aşkar edilib. ORF1a/b bölgəsi üçün FAM kanalını və N geni üçün ROX kanalını seçməklə hər bir hədəf gen üçün xüsusi zondlar hazırlayın. Bu analiz dəstinə eluent və master-miks reagentləri aşağıdakı kimi əlavə edilir: aşkarlama/amplifikasiya üçün 30 µl master mix reagent və 20 µl süzülmüş nümunə hazırlayın. Gücləndirmə/ aşkarlama üçün real vaxt rejimində PCR ABI 750025 istifadə edilmişdir.
SARS-CoV-2 BGI testi COVID-19 diaqnozu üçün flüoresan real vaxt rejimində rRT-PCR dəstidir. Hədəf bölgə tək gen aşkarlama üsulu olan SARS-CoV-2 genomunun ORF1a/b bölgəsində yerləşir. Bundan əlavə, insan ev təsərrüfatı geni β-aktin daxili tənzimlənən hədəf gendir. Əsas qarışıq 20 µl master mix reagenti və 10 µl çıxarılan RNT nümunəsini quyu boşqabında qarışdırmaqla hazırlanır26. Gücləndirmə və aşkarlama üçün ABI 7500 flüoresan kəmiyyət real vaxt PCR alətindən istifadə edilmişdir. Bütün nuklein turşusunun gücləndirilməsi, hər bir analiz üçün PCR işləmə şərtləri və nəticələrin təfsiri müvafiq istehsalçının təlimatlarına uyğun olaraq həyata keçirilmişdir (Cədvəl 3).
Bu müqayisəli təhlildə biz dörd təhlil üçün faiz razılaşmasını (müsbət, mənfi və ümumi) və digər müqayisə parametrlərini müəyyən etmək üçün istinad standart metodundan istifadə etmədik. Hər bir test müqayisəsi CRS ilə aparıldı, bu işdə CRS “hər hansı müsbət” qaydası ilə təyin olundu və nəticə bir testlə deyil, müəyyən edildi, biz ən azı iki uyğunlaşdırılmış test nəticəsindən istifadə etdik. Bundan əlavə, COVID-19 ötürülməsi halında, yalançı mənfi nəticələr yalançı müsbət nəticələrdən daha təhlükəlidir. Buna görə də, bir CRS nəticəsindən mümkün qədər dəqiq "müsbət" demək üçün ən azı iki analiz testi müsbət olmalıdır, yəni EUA analizindən ən azı bir müsbət nəticənin çıxması ehtimalı var. Beləliklə, dörd test nəticəsindən eyni nəticəni verən iki və ya daha çox test nəticəsi həqiqi müsbət və ya mənfi hesab olunur18,27.
Məlumatlar strukturlaşdırılmış məlumat çıxarma formalarından istifadə etməklə toplanmış, verilənlərin daxil edilməsi və təhlili Excel statistik proqramından və təsviri statistika üçün SPSS 23.0 versiyasından istifadə etməklə həyata keçirilmişdir. Müsbət, mənfi və ümumi faiz razılaşması təhlil edildi və hər bir metodun CRS ilə uyğunluq dərəcəsini müəyyən etmək üçün Kappa balından istifadə edildi. Kappa dəyərləri aşağıdakı kimi şərh olunur: yumşaq razılıq üçün 0,01-dən 0,20-ə qədər, ümumi razılıq üçün 0,21-dən 0,40-a qədər, orta razılıq üçün 0,41-0,60, əsas razılaşma üçün 0,61-0,80 və tam razılıq üçün 0,81-0,9928.
Əddis-Əbəbə Universitetində etik icazə alındı ​​və bu tədqiqat üçün bütün eksperimental protokollar Efiopiya İctimai Səhiyyə İnstitutunun Elmi Etika Nəzarət Şurası tərəfindən təsdiqləndi. EPHI Etika Lisenziyası üçün istinad nömrəsi EPHI/IRB-279-2020-dir. Bütün üsullar COVID-19-un Müalicəsi üzrə Efiopiya Milli Kompleks Təlimatının tövsiyə və müddəalarına uyğun olaraq tətbiq edilib. Bundan əlavə, tədqiqatda iştirak etməzdən əvvəl bütün tədqiqat iştirakçılarından yazılı məlumatlı razılıq alınmışdır.
Bu araşdırmada əldə edilən və ya təhlil edilən bütün məlumatlar dərc olunmuş məqaləyə daxil edilmişdir. Bu tədqiqatın nəticələrini dəstəkləyən məlumatlar əsaslı sorğu əsasında müvafiq müəllifdən əldə edilə bilər.
Ümumdünya Səhiyyə Təşkilatı. COVID-19 üçün Laboratoriya Sınaq Strategiyaları üçün Tövsiyələr: Müvəqqəti Rəhbərlik, 21 mart 2020-ci il № WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (ÜST, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Fövqəladə Hallar Departamentində KI COVID-19 ağıllı diaqnozu: Təcrübədə hər şey. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Fövqəladə Hallar Departamentində KI COVID-19 ağıllı diaqnozu: Təcrübədə hər şey.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. və Gurgulianis, KI. Təcili yardım şöbəsində COVID-19-un ağıllı diaqnozu: praktikada hər şey.Muliou DS, Pantazopoulos I. və Gurgulyanis KI. Təcili yardım şöbələrində COVID-19-un ağıllı diaqnostikası: praktikada sona inteqrasiya. Mütəxəssis Möhtərəm Respire. dərman. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. COVID19 ID NOW EUA analizinin qiymətləndirilməsi. Mitchell, SL & St George, K. COVID19 ID NOW EUA analizinin qiymətləndirilməsi.Mitchell, SL və St. George, K. COVID19 ID NOW EUA analizinin qiymətləndirilməsi.Mitchell SL və St. George K. COVID19 ID NOW EUA analizinin qiymətləndirilməsi. J. Klinik. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
ÜST. Şübhəli insan xəstəliyində 2019-cu il koronavirus xəstəliyinin (COVID-19) laboratoriya aşkarlanması. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (giriş 15 avqust 2020-ci il) (ÜST, 2020).
Udugama, B. et al. COVID-19 Diaqnozu: Xəstəliklər və Test Alətləri. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Şərqi, Mərkəzi və Cənubi Afrika Patoloqlar Kollecinin yaradılması - Yaxın Şərq və Cənubi Afrika Regional Patologiya Məktəbi. Afrika. J. Laboratoriya. dərman. 9(1), 1-8 (2020).
Efiopiya Xalq Sağlamlığı İnstitutu, Federal Səhiyyə Nazirliyi. COVID-19-un Laborator Diaqnozu üzrə Müvəqqəti Milli Strategiya və Rəhbərlik. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (giriş tarixi 12 avqust 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS SARS-CoV-2 infeksiyası problemləri və nəticələri üçün yanlış mənfi testlər. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS SARS-CoV-2 infeksiyası problemləri və nəticələri üçün yanlış mənfi testlər.Voloshin S., Patel N. və Kesselheim AS SARS-CoV-2 infeksiyaları və onların nəticələri üçün yanlış mənfi testlər.Voloshin S., Patel N. və Kesselheim AS. Təxribat və SARS-CoV-2 infeksiyasının təsiri üçün yanlış mənfi testlər. N. eng. J. Tibb. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Yanlış-müsbət və yalan-mənfi COVID-19 halları: Tənəffüsün qarşısının alınması və idarə olunması strategiyaları, peyvənd və gələcək perspektivlər. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Yanlış-müsbət və yalan-mənfi COVID-19 halları: Tənəffüsün qarşısının alınması və idarə olunması strategiyaları, peyvənd və gələcək perspektivlər. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Loжноположительные və ложноотрицательные случая COVID-19: Respiratornaya profilaktika və strategiya leçeniyaları, vaksinasiya və davamlı təsirlər. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI COVID-19-un yalançı müsbət və yalan mənfi halları: tənəffüs yollarının qarşısının alınması və müalicə strategiyaları, peyvənd və irəliyə doğru yol.Muliu, DS və Gurgulianis, KI, COVID-19-un yalançı müsbət və yalan-mənfi halları: tənəffüs yollarının qarşısının alınması və müalicəsi, peyvəndləmə və irəliləyiş üçün strategiyalar. Mütəxəssis Möhtərəm Respire. dərman. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Təcili yardım şöbəsində COVID-19 diaqnozu: Ağacı görmək, lakin meşəni itirmək. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Təcili yardım şöbəsində COVID-19 diaqnozu: Ağacı görmək, lakin meşəni itirmək.Mouliou, DS, Ioannis, P. və Konstantinos, G. Təcili Yardım Departamentində COVID-19 Diaqnozu: Ağaca baxın, Meşəni itirin.Muliou DS, Ioannis P. və Konstantinos G. Təcili Yardım Otaqlarında COVID-19 Diaqnozu: Ağaclar üçün kifayət qədər meşə deyil. Görün. dərman. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Abbott RealTime SARS-CoV-2 Təhlilinin Analitik və Klinik Performansının Validasiyası və Validasiyası. J. Klinik. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Adi RT-PCR ilə virus infeksiyasının aşkarlanması üçün COVID-19-un müxtəlif genom bölgəsindən beş primer dəsti müqayisə edin. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Adi RT-PCR ilə virus infeksiyasının aşkarlanması üçün COVID-19-un müxtəlif genom bölgələrindən beş primer dəstinin müqayisəsi.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. and Aflatunyan, B. Adi RT-PCR ilə viral infeksiyanın aşkarlanması üçün COVID-19 genomunun müxtəlif bölgələrindən beş primer dəstinin müqayisəsi. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Adi RT-PCR ilə viral infeksiyanın aşkarlanması üçün COVID-19-un 5 müxtəlif genetik bölgəsinin müqayisəsi.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. and Aflatunyan B. Adi RT-PCR ilə viral infeksiyanın aşkarlanması üçün COVID-19 genomunun müxtəlif bölgələrindən beş primer dəstinin müqayisəsi.İran. J. Mikrobiologiya. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. SARS-CoV-2 genom ardıcıllığının aşkarlanması üçün milli xarici keyfiyyətin qiymətləndirilməsi proqramının ilkin nəticələri. J. Klinik. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Ağır Kəskin Tənəffüs Sindromu Koronavirus üçün Beş RT-PCR Dəstinin Effektivliyinin Analitik Qiymətləndirilməsi 2. J. Clinical. laboratoriya. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Real vaxt polimeraza zəncirvari reaksiyasına (PCR) əsaslanan Çində yeddi kommersiya SARS-CoV-2 RNT aşkarlama dəstinin qiymətləndirilməsi. kliniki. Kimyəvi. laboratoriya. dərman. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Yeddi kommersiya RT-PCR COVID-19 diaqnostik dəstinin müqayisəsi. J. Klinik. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu və başqaları. SARS-CoV-2 nuklein turşularının aşkarlanması üçün iki PCR dəstinin diaqnostik performansının müqayisəsi. J. Klinik. laboratoriya. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR və s. Dörd SARS-CoV-2 nuklein turşusu gücləndirmə testi (NAAT) platformasının müqayisəli tədqiqi göstərdi ki, ID NOW performansı xəstə və nümunə növündən asılı olaraq əhəmiyyətli dərəcədə aşağı düşüb. diaqnoz. mikrobiologiya. Yoluxdurmaq. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott molekulu. Abbott real vaxt rejimində SARS-CoV-2 analiz paketi əlavəsi. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (10 avqust 2020-ci il tarixinə) (2020).
Klein, S. et al. RT-qPCR və RT-LAMP ilə sürətli genişmiqyaslı aşkarlama üçün maqnit muncuqlardan istifadə edərək SARS-CoV-2 RNT izolyasiyası. Virus 12(8), 863 (2020).